Здравствуйте, Рашит! Да, будете, т.к. льгота на долгосрочное владение, вернее освобождение от уплаты НДФЛ на коммерческую недвижимость не распространяется согласно п.17.1 ст.217 НК РФ, т.к. оно использовалось в предпринимательской деятельности. Так что будете платить НДФЛ, если указать цену больше цены покупки, но с учетом того, что за доход налоговая возьмет не менее 0,7 кадастровой стоимости согласно ст.214.10 НК РФ. А цену нужно указывать ту, по которой продаете, т.к. в противном случае могут быть не только налоговые последствия, а гражданско-правовые в случае расторжения договора (ст.450-453 ГК РФ) или признания сделки недействительной (ст.166-181 ГК РФ).
P.S. Если потребуется консультация, анализ или подготовка документов, ссылка на мой профиль: https://pravoved.ru/lawyer/4041300/