И правомерно ли будет снятие этого штрафа при том, что это было дарение, а не продажа?

Дарение имущества, в том числе, доли в уставном капитале, предполагает его безвозмездное получение в собственность одаряемым и возникновение у него в связи с этим экономической выгоды в целях налогообложения НДФЛ. У вас как у дарителя обязанности по уплате НДФЛ не возникает. Однако, можно предположить, что фактически между сторонами имеется скрытый договор купли-продажи, поскольку сложно предположить, что имущество просто так «дарится» третьему лицу. Возможно, целью было обхода правила предварительного выкупа доли, а также сокрытия налогов от этой сделки.
Если договор дарения – у вас доходов нет, декларация не подается, но налоговый орган может переквалифицировать ваши взаимоотношения и доначислить вам налог. Как вы написали, налоговый орган вам уже направил соответствующее письмо. 
Если это договор купли-продажи, надо оценивать эту сделку на предмет самостоятельной уплаты НДФЛ. При этом получение вычета не ставится в зависимость от подачи декларации по форме 3-НДФЛ, то есть это можно сделать отдельно в любое время.
Рада ответить на Ваш вопрос!
Буду благодарна за Ваш положительный отзыв (+), так смогу оставаться на связи с Вами и иными участниками диалога и уточнить дополнительные моменты
С уважением, Екатерина