Здравствуйте, Александра.
В соответствии со статьёй 56 Земельного кодекса РФ ограничения прав на землю подлежат государственной регистрации.
Следовательно, наличие ограничения в связи с нахождением земельного участка в зоне подтопления должно быть отражено в выписке ЕГРН.
Допускаю, что ограничения были установлены муниципальными актами, но по халатности администрации не внесены в сведения ЕГРН.
Само по себе нахождение в зоне подтопления не запрещает строительство, а требует проведения дополнительных мероприятий, об этом вам должна была сообщить администрация.
В вашем случае, так как ограничение права пользования не отображается в сведениях ЕГРН, администрация не вправе отказывать вам в строительстве.
Данный отказ можно обжаловать в суде.
Если вам потребуется помощь составлении административного искового заявления, обращайтесь ко мне в чате.
С уважением, Светлана Князева