В МФЦ сказали, что размер пошлины составляет 4000 рублей

Что же касается государственной регистрации права собственности физического лица на созданный объект недвижимого имущества на земельном участке, предназначенном для ведения личного подсобного, дачного хозяйства, огородничества, садоводства, индивидуального гаражного или индивидуального жилищного строительства, то, по мнению Департамента, за указанное юридически значимое действие государственная пошлина в размере, установленном подпунктом 24 пункта 1 статьи 333.33 НК РФ, должна уплачиваться однократно, т.е. при первоначальной государственной регистрации права собственности на данный объект. В случае государственной регистрации перехода права на ранее созданный объект недвижимого имущества, находящийся на земельном участке, предназначенном для ведения личного подсобного, дачного хозяйства, огородничества, садоводства, индивидуального гаражного или индивидуального жилищного строительства, или сделки об его отчуждении государственная пошлина должна уплачиваться в размере, установленном подпунктом 22 пункта 1 статьи 333.33 НК РФ.

Арина, вы не просто регистрируйте право собственности на земельный участок, а, как сами указали, регистрируйте сделку купли-продажи.

Размер государственной пошлины за регистрацию сделки определён пунктом 22 а не 24 

22) за государственную регистрацию прав, ограничений прав и обременений объектов недвижимости, сделок с объектом недвижимости, если такие сделки подлежат государственной регистрации в соответствии с федеральным законом, за исключением юридически значимых действий, предусмотренных подпунктами 21, 22.1, 22.4, 24 — 26, 26.1, 27.2, 28 — 31, 61 и 80.1 настоящего пункта:

для физических лиц:

в отношении объекта недвижимости, кадастровая стоимость которого не определена или не превышает 20 000 000 рублей, — 4000 рублей;