Добрый день.
Да, в описанной ситуации нужно встать на воинский учёт по месту временной регистрации, даже если по факту жить остаётся на прежнем месте, но на срок более трёх месяцев.
Согласно пункту 2 статьи 8 Федерального закона от 28.03.98 №53-ФЗ, воинский учёт граждан, прибывших на место пребывания на срок более трёх месяцев, осуществляется по месту их пребывания. Под местом жительства в этом случае подразумевается место постоянной прописки, а под местом пребывания — временная прописка.
Если срок пребывания на новом месте составляет менее трёх месяцев и есть возможность приезжать домой по адресу постоянной регистрации не менее одного раза в три месяца, то состоять на воинском учёте нужно по месту постоянной регистрации.
Да, все верно.