Вопрос 1: Правомерно ли в данном случае удержание компанией платежным агентом НДС?

Добрый день Светлана!

Российские посредники с участием в расчетах, привлеченные для реализации электронных услуг в России иностранной компанией из страны, не входящей в ЕАЭС, обязаны исполнять обязанности налогового агента по НДС (п. 5 ст. 161, п. 10 ст. 174.2 НК).

1. Для целей обложения НДС электронные услуги — это услуги, которые заказчик получает через интернет или иные сети, указанные в пункте 4 статьи 2 Закона от 27.07.2006 № 149-ФЗ. Перечень электронных услуг в рамках стран, не входящих в ЕАЭС, поименован в пункте 1 статьи 174.2 НК, а в рамках стран ЕАЭС — в решении Совета ЕЭК от 27.09.2023 № 97.

Когда речь идет о материальных носителях — это значит, что программа продается на диске, дискете, флешке и т.п. В вашем случае осуществляется продажа без материальных носителей через собственное мобильное приложение. То есть совершенно точно этот случай не попадает под вашу ситуацию. 

2. Если местом реализации товаров, работ, услуг признают Россию, а иностранный контрагент их реализует через свое российское представительство, НДС при выплате дохода удерживать не надо. В этом случае налог исчислит представительство иностранной компании. (п. 1–2 ст. 161, ст. 147, 148 НК).

Иностранные компании, которые реализуют электронные услуги российским заказчикам через свои обособленные подразделения в России, платят НДС сами в том же порядке как и российские продавцы. 

То есть, если иностранный продавец откроет представительство и будет продавать электронные услуги через мобильное приложение, то НДС избежать не получится. Он все равно его будет платить. Но платить он будет сам, а не через налогового агента. 

Вопрос 1: Правомерно ли в данном случае удержание компанией платежным агентом НДС?

 Добрый день! Согласно п. 10 ст. 174.2 НК РФ

При оказании иностранными организациями услуг в электронной форме, указанных в пункте 1 настоящей статьи… налоговыми агентами признаются российские организации, индивидуальные предприниматели или обособленные подразделения иностранных организаций, расположенные на территории Российской Федерации, — посредники, состоящие на учете в налоговых органах и осуществляющие предпринимательскую деятельность с участием в расчетах непосредственно с покупателем на основании договоров поручения, комиссии, агентских или иных аналогичных договоров с иностранными организациями, оказывающими такие услуги.  
Указанные налоговые агенты производят исчисление и уплату налога в порядке, предусмотренном пунктом 5 статьи 161 настоящего Кодекса, с учетом особенностей, предусмотренных пунктом 4 настоящей статьи.
В целях настоящего пункта не признаются посредниками организации, являющиеся субъектами национальной платежной системы, а также операторы связи, указанные в Федеральном законе от 27 июня 2011 года N 161-ФЗ «О национальной платежной системе», в рамках осуществления переводов денежных средств за услуги, предусмотренные в пункте 1 настоящей статьи.
 

таким образом если российский посредник действует в отношении конечных приобретателей электронных услуг на основании договора с иностранным поставщиком он является налоговым агентом по ндс. Регистрация представительства в РФ иностранным поставщиком повлияет только на то, что плательщиком ндс будет сам поставщик а не посредник.

реализация (передача прав на использование) программ для электронных вычислительных машин (включая компьютерные игры), баз данных на материальных носителях; Применимо ли это исключение для описанного выше случая?

 речь про реализацию именно на материальном носителе чего в Вашей ситуации нет.