Не будет ли это основанием для проверяющих органов, что часть территории близкая к забору и к моему магазину (85м) по праву собственности, будет принадлежать этому образовательному учреждению?

Добрый день! Не очень понятен вопрос, но в принципе вы думаете в правильном направлении, если в здании есть помещение, а земля муниципальная то право аренды можно оформить всем собственникам помещений, если же земля в собственности частного лица, то право останется за лицом, а права пользования частью участка за правообладателем помещения. Вы можете ориентироваться на ст 35 ЗК РФ, 271 ГК РФ 

Собственник здания, сооружения или иной недвижимости, находящейся на земельном участке, принадлежащем другому лицу, имеет право пользования предоставленным таким лицом под эту недвижимость земельным участком.

Всего хорошего!