И разве можно канализационные трубы проводить по потолку над головами наших посетителей?

Екатерина, добрый день.

И разве можно канализационные трубы проводить по потолку над головами наших посетителей?

Такого рода монтаж противоречит требованиям  «СП 30.13330.2020. Свод правил. Внутренний водопровод и канализация зданий. СНиП 2.04.01-85*» (утв. и введен в действие Приказом Минстроя России от 30.12.2020 N 920/пр)

которым установлены следующие ограничения

18.11 Прокладка трубопроводов внутренней канализации не допускается:
— под потолком помещений предприятий общественного питания, кухонь, торговых залов, складов пищевых продуктов и ценных товаров, вестибюлей, помещений, имеющих ценное художественное оформление, производственных помещений в местах установки производственных печей, на которые не допускается попадание влаги, помещений, где производятся ценные товары и материалы, качество которых снижается от попадания на них влаги.

Поскольку у Вас помещение предполагает не только как понимаю выдачу, но и хранение товара — то Вы можете ссылаясь на приведенный свод правил, требовать изменения системы монтажа канализации.

В обоснование заявленных доводов, указываете на то, что сданное помещение в этом случае перестанет отвечать целям для которых оно арендовалось.

По смыслу ст. 611 ГК РФ 

1. Арендодатель обязан предоставить арендатору имущество в состоянии, соответствующем условиям договора аренды и назначению имущества.

В связи с чем в силу ст. 612 ГК РФ 

1. Арендодатель отвечает за недостатки сданного в аренду имущества, полностью или частично препятствующие пользованию им, даже если во время заключения договора аренды он не знал об этих недостатках.

И в перспективе по Вашему требованию такого рода недостатки подлежат устранению.

До указанного момента, Вы можете аргументировать тем, что с подобным монтажом имеют место предпосылки к нарушению договора, что в последующем для собственника такое нарушение приведет к дополнительным тратам по устранению последствий выбранного способа монтажа системы канализации. 

Екатерина, добрый день! Рады вам!
Ситуация, в которую вы попали очень неприятная. Выражаю вам сочувствие и поддержку.
Мои коллеги уже дали ссылки на нормативно — правовые акты действующего законодательства Российской федерации.
Со своей стороны хочу дополнить ответ коллег:

С одной стороны конечно есть ограничения. По регламенту ссылку давал коллега в предыдущем ответе.

При этом по факту арендодатель имеет право собственности. Значимый вы для него арендатор или нет решает арендодатель. У вас в договоре могут быть прописаны интересующие вас условия, а могут и нет.

Если арендодатель не идёт на уступки со своей стороны можно попробовать пойти в суд и взыскать с него стоимость поиска нового места и переезда. Думаю, шансы на это есть.