Или так помиловать потом обменять можно?

Здравствуйте! Да это законно так, как тут действуют международные договора и механизмы вытекающие из международных договоров. На законность подобной процедуры указывает хотя бы то, что таковой обмен в принципе состоялся.

Обмен заключенными, особенно в контексте международных отношений между Россией и западными странами, является сложной правовой и политической процедурой. В подобных ситуациях задействуются дипломатические, юридические и гуманитарные механизмы. 

Просто экстрадировать граждан же запрещено? А обменивать? или так помиловать потом обменять можно?

Экстрадиция и Обмен заключенными

Экстрадиция (выдача преступника) — это передача лица, подозреваемого или осужденного в совершении преступления, из одной страны в другую для судебного преследования или отбывания наказания. Российская Конституция(ст. 61) прямо запрещает экстрадицию граждан России.

1. Гражданин Российской Федерации не может быть выслан за пределы Российской Федерации или выдан другому государству.

Обмен заключенными — это другое явление, которое не попадает под прямое определение экстрадиции. Это, скорее, дипломатическая процедура, применяемая в основном в случаях, когда государства достигают взаимных договоренностей о передаче заключенных в обмен на их граждан или иных лиц задействованных в обмене.

Законность обмена

Обмен заключенными законен, если он проводится на основании международных договоров или специальных соглашений между государствами. Такой обмен осуществляется не по принципам экстрадиции, а по двусторонним договоренностям.
Для проведения обмена заключенными помилование иногда используется как юридическая мера для упрощения передачи лица другой стороне. Человек освобождается от наказания, его статус меняется (он уже не заключенный), и тогда обмен становится правомерным.После помилования у заключенного может быть возможность вернуться в свою страну.
Иногда государства могут договориться о передаче гражданина другой стране без помилования. Это обычно делается, чтобы человек отбывал наказание на родине или в другой стране (что тоже может быть частью дипломатической договоренности). Или вообще без условий отбытия наказания.

Помилование перед обменом:

Помилование как мера может использоваться для юридического обоснования освобождения лица перед обменом. Это делается для того, чтобы облегчить сам процесс и устранить формальные препятствия для передачи лица другой стране.
Без помилования человек остается осужденным, и обмен становится сложнее с юридической точки зрения. В таком случае, скорее всего, потребуется заключение специальных договоров о передаче заключенных для отбывания наказания в другой стране.

В обмене между Россией и западными странами фигурировали лица, граждане России, которые были обменяны на других граждан России — это часть договоренностей между государствами. В таких случаях страны могут руководствоваться гуманитарными соображениями, политическими соображениями или интересами безопасности.

Обмен заключенными между Россией и другими странами не противоречит международному праву, если соблюдаются условия договоренности между государствами. Это отличается от экстрадиции, которая прямо запрещена для граждан России. Речь тут именно об обмене.

В большинстве случаев такой обмен происходит через дипломатические каналы, и каждая из сторон может применять такие механизмы, как помилование, чтобы юридически упростить передачу заключенных.
Таким образом, обмен заключенными — это юридически возможная процедура, если она основана на соглашении между странами, и это не противоречит российским законам.

Обмен заключёнными между государствами – это процесс, который регулируется как национальным, так и международным правом. 

В силу  Статья 61, часть 1 экстрадиция граждан РФ запрещена. Однако обмен заключёнными не является экстрадицией в строгом смысле, поэтому может происходить на основании международных соглашений или через механизм помилования.

Кроме того, есть
Конвенция Совета Европы о передаче осужденных лиц (1983 год)

https://rm.coe.int/1680079546

Статья 12 – Помилование, амнистия, смягчение наказания
Каждая Сторона может объявить помилование, амнистию или уменьшить меру наказания в соответствии с действующей Конституцией или другими правовыми актами

Россия подписала и ратифицировала эту конвенцию, которая регулирует передачу осужденных лиц для отбывания наказания на родине или помилования. Передача осуществляется на основе согласия осуждённого и государств.
Дополнительный протокол к Конвенции Совета Европы о передаче осужденных лиц (1997 год)

rm.coe.int/168007f2ff

В этом протоколе расширяются правила передачи осуждённых и включаются случаи передачи без согласия осуждённого, если такая передача предусмотрена между государствами на основании договорённостей.

Кроме того,

В мирное время государства могут обмениваться заключенными на основе взаимных соглашений, даже если таких положений нет в действующем международном праве.

Многие обмены заключёнными происходят на основе двусторонних соглашений между Россией и другими странами. Эти соглашения могут предусматривать различные механизмы обмена заключёнными, включая помилование, передачу для отбывания наказания или освобождение.

Обмен заключёнными может включать помилование, что предусмотрено российским законодательством:
Статья 85 УК РФ регулирует вопросы помилования и освобождения от наказания по указу президента.
Помилование может использоваться для того, чтобы исключить юридические препятствия для передачи осуждённого другому государству.

Подводя итоги, можно сделать следующие выводы.

Национальное законодательство России (Конституция РФ, УК РФ и законы о международном сотрудничестве) запрещает экстрадицию граждан РФ, но допускает их передачу для обмена или отбывания наказания в другой стране по международным соглашениям или освобождение.
Международное право, в частности Конвенция о передаче осужденных лиц, регулирует возможность передачи заключенных между странами для отбывания наказания на родине, при согласии обеих сторон.
Помилование является законным механизмом для обмена заключёнными, если оно позволяет заключить сделку между государствами без нарушения законов.
Обмен заключёнными является правомерной процедурой, если он осуществляется на основе международных договоров, соглашений или при применении института помилования.

Таким, образом, международное право в целом содержит широкие основания и механизмы для осуществления указанного обмена на абсолютно законных основаниях.