Александр, здесь что-то странное. НДФЛ (налог на доходы физических лиц) действительно рассчитывает работодатель, однако в Вашем случае он составляет 13%. Видио, речь идет не о налоге. а о чем-то другом. Возможно, 25000 — это полная ставка, а Вам платится как за полставки.
Этот момент надо прояснить в бухгалтерии, желательно запросив форму 2-НДФЛ. Её содержание следует сверить с текстом трудового договора. Я не исключаю, что реальная сумма в трудовом договоре либо занижена, либо указана с учетом возможных премий, которые не начисляются.
Дргого объяснения пока не вижу...