Ангелина, здравствуйте!
Действующее законодательство не содержит оговорки о том, что срок декрета не входит в период отработки после целевого обучения.
Трудовым кодексом РФ, ФЗ № 273-ФЗ «Об образовании в РФ», постановлением Правительства от 27.04.2024 № 555 «О целевом обучении...» не содержит условий, запрещающих Вам уйти в декрет и вместе с этим прерывающих течение срока обязательного трудоустройства. Всё время декрета Вы являетесь работником Организации-работодателя, ваша ставка не является вакантной.
Вместе с тем важно изучить договор, в его тексте могут быть специальные оговорки, которые вы приняли на себя как обязательство. Если и там нет оговорок, что в срок отработки не входит декрет, то тогда ответ на Ваш вопрос, да, годы декрета должны учитываться для срока отработки.