Знаю что по трудовому законодательству отработка на испытательном сроке 3 дня с момента подачи заявления., т.е с сегодняшнего числа

Здравствуйте!

Во-первых, в российском трудовом законодательстве нет понятия «отработка». Вы, как работник на испытательном сроке, обязаны уведомить работодателя о своем увольнении за три дня до срока увольнения. 

Этот срок не прерывается ни на больничный, ни  на отпуск и начинает течь со следующего дня после уведомления. 

Значит если вы уведомили работодателя 1.07, то срок начинается с 02.07 и вы должны быть уволены 04.07.

Уволить Вас в эти сроки это не право работодателя, а его обязанность! И если он нарушает эти сроки, то его можно привлечь к административной ответственности по статье 5.27 КоАП РФ. Плюс выплатить вам моральный ущерб и штрафы за просрочку выплаты окончательного расчета. 

Вы можете направить жалобу в трудовую инспекцию. Предварительно подготовьте все документальные доказательства того, что вы направили уведомление о вашем увольнении работодателю и что он это заявление получил. А так же все сообщения работодателя о том, что он не может уволить вас в указанные сроки и заставляет Вас отрабатывать весь срок, пока он не оформит увольнение. 

Добрый день ! 
отсчет начинается на следующий день после уведомления. 
Если 1 июля вы письменно уведомили работодателя об увольнении, то последний рабочий день у вас 4 июля. День увольнения=последний рабочий день. 
Соответственно, если 3 июля вы закроете больничный, то 4 июля должны выйти на работу. 
4 июля работодатель должен расторгнуть с вами трудовой договор, выдать на руки трудовую книжку и произвести окончательный расчет.