Здравствуйте, Михаил!
Право на проезд на безвозмездной основе, согласно ст. 20 ФЗ-76 имеет, в данном случае, супруга к месту использования отпуска и обратно.
В приказе на отпуск супруга должна быть указана, что следует в отпуск либо с Вами, либо отдельно.
Согласно п. 16 Порядка возмещения в органах федеральной службы безопасности расходов военнослужащих, граждан, уволенных с военной службы, и членов их семей (близких родственников), имеющих право на проезд и перевоз личного имущества на безвозмездной основе, утвержденного Приказом ФСБ России от 30 марта 2020 г. N 130 «Об установлении категорий проезда военнослужащих органов федеральной службы безопасности,...
с учетом того, что Вы проходите военную службу в в районах Крайнего Севера и приравненных к ним местностях возмещение расходов по проезду к месту использования отпуска и обратно одного члена семьи военнослужащего,
производится:
1. при следовании совместно с военнослужащим или
2. отдельно от него.
Как производится: от места военной службы военнослужащего к месту использования отпуска и обратно к месту военной службы военнослужащего.
Далее, на что скорее всего ссылаются кадровики, оплата могла быть, если член семьи военнослужащего проживает отдельно от военнослужащего в РКС и приравненных к ним местностях, других местностях с неблагоприятными климатическими и (или) экологическими условиями, в том числе отдаленных, либо на территории субъектов Российской Федерации, входящих в Уральский, Сибирский и Дальневосточный округа. Тогда оплата производится до места жительства члена семьи военнослужащего. Но супруга не проживает отдельно от Вас ни в одном из этих районов.
все отчетные документы сдал, отказались компенсировать по причине московской прописки жены
Регистрация не является безусловным основанием о проживании по месту регистрации.
Поэтому здесь следует уточнить, супруга фактически проживает с Вами и только зарегистрирована в Москве.
Скорее всего, вопрос придется решать в судебном порядке, раз отказывают в оплате проезда супруге..
Надо доказывать, что супруга проживает с Вами и регистрация в Москве не является местом ее проживания.
Соответственно, если являеетесь военнослужащим именно ФСБ и жена не проживает с вами, то отказ законен. Если жена зарегистрирована в Москве, но по факту живет в регионе места прохождения вашей службы, можно попытаться в суде оспорить отказ в компенсации.