Здравствуйте. В силу положений ч. 4 ст. 10 ФЗ от 29.12.2006 № 256-ФЗ «О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей»:
Лицо, получившее сертификат, его супруг (супруга) обязаны оформить жилое помещение, приобретенное (построенное, реконструированное) с использованием средств (части средств) материнского (семейного) капитала, в общую собственность такого лица, его супруга (супруги), детей (в том числе первого, второго, третьего ребенка и последующих детей) с определением размера долей по соглашению.
Если я правильно Вас поняла, под гражданским браком вы подразумеваете брак без регистрации в органах ЗАГС. Если я ошибаюсь, укажите данный момент в комментариях, я уточню свой ответ на вопрос. В указанном случае обязанности по выделению доли у Вас нет, вы должны будете выделить доли только детям, так как вышеуказанное положения распространяется только на супруга, брак с которым зарегистрирован официально.
По своему желанию долю вы можете гражданскому супругу продать или подарить, в силу положений Гражданского кодекса. О выделении доли тут идти речи не будет, Соглашением об определении долей в данном случае «провести» такую операцию нельзя будет.
Однако, так как собственниками имущества помимо Вас будут являться Ваши дети, если на момент дарения/продажи доли они будут несовершеннолетними, то необходимо будет согласие органов опеки и попечительства.