Здравствуйте!
Согласно п. 1 ст. 210
НК РФ при определении налоговой базы учитываются все доходы налогоплательщика,
полученные им как в денежной, так и в натуральной форме, или право на
распоряжение которыми у него возникло, а также доходы в виде материальной
выгоды, определяемой в соответствии со ст. 212
НК РФ.
Согласно п. 3 ст. 214.1
НК РФ (в редакции, действовавшей до 1 января 2010 г.) доход (убыток) по
операциям купли-продажи ценных бумаг, в том числе инвестиционных паев паевых
инвестиционных фондов, определяется как разница между суммами доходов,
полученными от реализации ценных бумаг, и документально подтвержденными
расходами на приобретение, реализацию и хранение ценных бумаг, фактически
произведенными налогоплательщиком (включая расходы, возмещаемые
профессиональному участнику рынка ценных бумаг, управляющей компании, осуществляющей
доверительное управление имуществом, составляющим паевой инвестиционный фонд).
Если расчет и
уплата налога по доходам от реализации ценных бумаг произведены у источника
выплаты (налоговым агентом), обязанности по представлению в налоговый орган
налоговой декларации по указанным доходам у физического лица не возникает.
В случае если
операции с ценными бумагами осуществлялись физическим лицом не по договору
поручения или иному подобному договору в пользу налогоплательщика, а по
договорам купли-продажи, исчисление и уплата НДФЛ осуществляются
налогоплательщиком самостоятельно в порядке применения ст. ст. 228
и 229 НК
РФ.
На основании ст. ст. 228
и 229 НК
РФ физические лица, получившие доход от продажи имущества, принадлежащего им на
праве собственности, обязаны представить налоговую декларацию по НДФЛ в
налоговый орган по месту своей регистрации в срок не позднее 30 апреля и
уплатить налог, исчисленный на основании такой декларации, в срок не позднее 15
июля года, следующего за истекшим налоговым периодом (то есть за годом
получения дохода).
Так как нормы закона понимаются
буквально при отсутствии их конкретизации в других актах, то в смысле данных
норм получение дохода означает фактическое обладание средствами, поступившими
от продажи соответствующего имущества, если при этом, при подаче декларации это
подтверждается документально, т.е. соответствует Вашему договору. Поэтому Вам
следует представить декларацию за полученную часть дохода от продажи акций за
2013, приложив Ваш договор, в котором видно, что средства Вы получаете в два
этапа. Если ИФНС с этим не согласиться,
то вышлет Вам соответствующее уведомление, а не квитанцию об оплате налога за
2013 г. Но это лучше, чем потом при подаче декларации за 2014 г. Вам ИФНС
доначислит пени за 2013. 
Если же разница между суммой доходов, полученных от реализации акций, и документально подтвержденными расходами на приобретение, реализацию и хранение ценных бумаг и продажей акций будет положительный, то. Вы получаете доход.
При определении налоговой базы по НДФЛ учитываются все доходы,
полученные человеком как в денежной, так и в натуральной форме или
право на распоряжение которыми у него возникло (п. 1 ст. 210 НК РФ).
Датой фактического получения дохода будет день его выплаты (п. 1 ст. 223 НК РФ).
На основании вышеизложенного денежные средства полученные физическим лицом в качестве предварительной оплаты являются его доходом .
Между тем судебная практика по Вашему вопросу не однозначна: так, ФАС Московского округа постановил, что поступление
денежных средств в качестве предоплаты или аванса до момента выполнения обязательств по договору не влечет возникновения объекта НДФЛ (постановление ФАС Московского округа от 23 декабря 2009 г. № КА-А40/13467-09 по делу № А40-66058/09-140-443).
В противовес этому постановление ФАС Западно-Сибирского округа. Судьи
подчеркнули, что фирма обязана удержать и перечислить в бюджет НДФЛ с аванса физлицу, так как дата фактического получения дохода – день его выплаты (постановление от 16 октября 2009 г. по делу № А03-14059/2008).
Если споры с налоговой Вам не нужны с предоплаты полученной в 2013 году, нужно заплатить налог. Налоговую декларацию по форме 3-НДФЛ нужно подать в налоговый орган до 30 апреля
2014 года.