Как вернуть ключи от помещения и разобраться с оставшимся товаром при уголовном деле?

а просто поменять замок и отдать товар Маркетплейсу я не могу?

 Можете сделать и так, в принципе, это позволяет статья 14 Гражданского Кодекса РФ:

ГК РФ Статья 14. Самозащита гражданских прав 

 Допускается самозащита гражданских прав. 
Способы самозащиты должны быть соразмерны нарушению и не выходить за пределы действий, необходимых для его пресечения.

Но рекомендую хотя бы предпринять попытки получения информации о своём помещении, ключах и товаре.

 Вам товар на хранение не передавался, помещение не опечатано, следовательно, и предъявить Вам будет нечего.

УПК РФ Статья 56. Свидетель
 
 4. Свидетель вправе:

 5) заявлять ходатайства и приносить жалобы на действия (бездействие) и решения дознавателя, начальника подразделения дознания, начальника органа дознания, органа дознания, следователя, прокурора и суда;

Если уголовное дело заведено в отношение арендаторов, то вы как арендодатель должны проходить по делу как свидетель, так как обладаете, хотя бы поверхностной информацией.

Вам точно известно что дело заведено?

Или может быть проводится проверка по материалу.

Обычно собственников помещений вызывают и допрашивают к неудовольствию последних

Узнать данные о деле не очень то и сложно.

Обратитесь в  дежурную часть и попросите провести вас к начальнику следственного отдела. Он знает у какого следователя какое дело, так как он сам или его зам  отписывают их следователям.