Здравствуйте.
1. Сразу должен сказать, что на вопрос «как быть» отвечать не совсем корректно, поскольку решать это только Вам. При этом правовая оценка ситуации в целом такова, что аргументы подрядчика о невозможности исполнения второго договора (и нежелание нести за это соответствующие последствия) неправомерны. Формально он принял на себя обязательства, от которых просто так отказаться не может.
Односторонний отказ от исполнения обязательства и одностороннее изменение его условий не допускаются, за исключением случаев, предусмотренных настоящим Кодексом, другими законами или иными правовыми актами.
Статья 310 ГК РФ.
Условия договора определяются по усмотрению сторон, кроме случаев, когда содержание соответствующего условия предписано законом или иными правовыми актами (статья 422).
Статья 421 ГК РФ.
Второй договор довольно простой, в нем я не увидел права на односторонний безосновательный (есть ссылка на основания, установленные законодательством в пункте 8.1.) отказ от исполнения обязательств. А потому формально подрядчик обязан как выполнить указанные работы в срок, так и нести ответственность, включая неустойку.
Стороны несут ответственность за неисполнение (ненадлежащее исполнение) своих обязанностей в соответствии с законодательством Российской Федерации.
6.2. В случае несвоевременного выполнения Работ Подрядчик обязуется выплатить неустойку из расчета 0,5 процента от стоимости выполняемых Работ за каждый день просрочки, но не более 10 процентов от стоимости Работ.
Если дело дойдет до суда, сказать наверняка невозможно, но в Вашу пользу будут говорить вышеуказанные факты, а также принцип буквальности толкования договора.
При толковании условий договора судом принимается во внимание буквальное значение содержащихся в нем слов и выражений. Буквальное значение условия договора в случае его неясности устанавливается путем сопоставления с другими условиями и смыслом договора в целом.
Статья 431 ГК РФ.
2. Конечно, имеет место вопрос, почему вообще второй договор был заключен, не было ли каких-то договоренностей по поводу возможного переноса сроков. Сами по себе такие договоренности положений договора не отменяют, тем не менее могут быть учтены судом. Но все же закон не запрещает заключать второй договор в подобной ситуации, ведь подрядчик теоретически мог уже завершить исполнение документов.
3. У Вас большой арсенал средств и различных вариантов разрешения ситуации. Здесь все зависит от фактических обстоятельств. Вы, например, можете искать компромисса с контрагентом, закон этого не запрещает, а можете начать предъявлять претензии или даже обратиться в суд. В суде, опять же, перечень возможных требований очень широк и все зависит от Ваших предпочтений, того, как будет вести себя контрагент и пр.
Отказ заказчика от исполнения договора подряда предусмотрен ст.717 ГК РФ
www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_9027/cc2aa4a0762dd07bb86c13ab9666796f236ec336/
Права заказчика во время выполнения работы подрядчиком предусмотрены ст.715 ГК РФ
www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_9027/74f99bda3a8a3eccfdede4269aa617db5a588fad/