Добрый день, Виктор.
Согласно п. 1 ст. 210 Кодекса при определении налоговой базы по налогу на доходы физических лиц учитываются все доходы налогоплательщика, полученные им как в денежной, так и в натуральной формах, или право на распоряжение которыми у него возникло, а также доходы в виде материальной выгоды, определяемой в соответствии со ст. 212 Кодекса.
В порядке п. 3 ст. 210 Кодекса для доходов, в отношении которых предусмотрена налоговая ставка в размере 13 процентов, установленная п. 1 ст. 224 Кодекса, налоговая база определяется как денежное выражение таких доходов, подлежащих обложению налогом на доходы физических лиц, уменьшенных на сумму налоговых вычетов, предусмотренных ст. ст. 218 — 221 Кодекса.
В соответствии с пп. 1 п. 1 ст. 220 Кодекса при определении размера налоговой базы по налогу на доходы физических лиц налогоплательщик имеет право на получение имущественных налоговых вычетов в суммах, полученных налогоплательщиком в налоговом периоде от продажи жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, дач, садовых домиков или земельных участков и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика менее трех лет, но не превышающих в целом 1 000 000 руб., а также в суммах, полученных в налоговом периоде от продажи иного имущества, находившегося в собственности налогоплательщика менее трех лет, но не превышающих в целом 250 000 руб.
Вместо использования права на получение имущественного налогового вычета, предусмотренного указанным подпунктом, налогоплательщик вправе уменьшить сумму своих облагаемых налогом доходов на сумму фактически произведенных им и документально подтвержденных расходов, связанных с получением этих доходов.
При этом вы должны учитывать, что согласно абз. 4 данного подпункта положения подпункта не распространяются на доходы, получаемые индивидуальными предпринимателями от продажи имущества в связи с осуществлением ими предпринимательской деятельности.
Принимая во внимание вышеизложенное, вы вправе уменьшить сумму своих облагаемых налогом на доходы физических лиц доходов, полученных при продаже нежилого помещения, не использовавшегося вами в целях осуществления предпринимательской деятельности, на сумму фактически произведенных им и документально подтвержденных расходов, связанных с получением этих доходов.
Проблема в том, что вы продали только часть магазина (если я правильно понял из вопроса), одно помещение. То есть у вас есть расходы по строительству здания и доход от продажи помещения в нем (юридически разные объекты). К сожалению, правоприменительная практика применения указанных норм в подобных ситуациях практически отсутствует.
В части рекомендаций налоговые органы указывают, что ст.220 НК РФ не предусматривает расчетный, оценочный метод подтверждения размера расходов, произведенных физическим лицом (Письмо Минфина РФ от 22.07.2011 N 03-04-05/7-527), таким образом, сложно сказать как определить соответствующую долю расходов на данное помещение.
В таком случае я рекомендовал бы вам для избежания рисков направить в ФНС запрос в порядке п.п.1,2 п.1 ст.21 НК РФ о возможности уменьшения доходов на суммы расходов и если возможно то каким способом (пропорционально площади или иным).
Ответ вам обязаны дать в порядке п.п.4 п.1 ст.32 НК РФ и п.2 ст.34.2 НК РФ, таким образом вы сможете избежать ответственности по пени п.8 ст.75 НК РФ и штрафам в порядке п.п.3 п.1 ст.111 НК РФ, если решите последовать данным ответам ФНС.