Если да, то будет ли доля моей сестры в моей квартире?

Здравствуйте.

Как я понимаю (вы не указали, но можно предположить по описанию ситуации), муж вашей матери не является отцом ни вам, ни вашей младшей сестре. Про своего отца и отца сестры Вы ничего не написали, поэтому исхожу из того, что юридически Ваша мать была единственным родителем для Вас и сестры. Также Вы не указали, какого Вы и сестра возраста, но Вы, очевидно, старше 18 лет. 

Если у Вас иная ситуация, то опишите ее и я откорректирую ответ.

Пока же могу сказать следующее. 

Согласно Правилам подачи заявления о выдаче государственного сертификата на материнский (семейный) капитал и выдачи государственного сертификата на материнский (семейный) капитал и формы государственного сертификата на материнский (семейный) капитал, утв. Приказом Минтруда России от 03.08.2022 N 444н в случае, если женщина, являющаяся единственным родителем ребенка, в связи с рождением (усыновлением) которого возникло право на материнский капитал, умерла, то право на получение сертификата на МК имеют дети (в равных долях), не достигшие совершеннолетия, и (или) совершеннолетний ребенок (дети в равных долях), обучающийся по очной форме в образовательных учреждениях любого типа и вида независимо от их организационно-правовой формы (за исключением образовательных учреждений дополнительного образования), до окончания такого обучения, но не более чем до достижения им возраста 23 лет.

Таким образом, если Ваша умершая мать была единственным родителем младшей сестры, Вам менее 23 лет и Вы обучаетесь очно, то средства МК будут разделены между Вами и сестрой поровну. Если Вы не учитесь очно или Вам более 23 лет, то права на МК у Вас нет. Если сестре менее 18 лет или менее 23 и она учится очно, то право на МК есть только у сестры.

могу я использовать Материнский капитал вместе со своими сбережениями для Первоночального взноса?

 если у Вас есть право на МК — можете. 

будет ли доля моей сестры в моей квартире?

 нет, ее часть МК Вы использовать не можете. Ее средствами может распорядиться только она сама или, если она несовершеннолетняя — законный представитель (опекун, попечитель, усыновитель). 

Здравствуйте!

У мамы был Материнский капитал на 2-го ребёнка. Мне пора брать ипотеку и покупать свою квартиру, могу я использовать Материнский капитал вместе со своими сбережениями для Первоночального взноса? Если да, то будет ли доля моей сестры в моей квартире?

Согласно ч. 7 ст. 3 Закона №256-ФЗ, установлено, что право на материнский капитал возникает в том числе, со дня рождения второго ребенка. 

Согласно ст.3 Закона №256-ФЗ, установлено, что основанием прекращения права на материнский капитал является смерть лица, имеющего право на материнский капитал.

Согласно норме, у вас возникает право на материнский капитал:

у детей в равных долях или обучающегося по очной форме обучения в образовательной организации до окончания такого обучения, но не дольше чем до достижения ими возраста 23 лет:

Таким образом, вы можете использовать материнский капитал на приобретение вами жилого помещения.

При этом, можете использовать и свои сбережения.

Если квартиру покупаете вы для себя лично, то она будет ваша и доли вашей сестры в ней не будет.

Сестра своей долей вправе распорядится сама.