Здравствуйте!
Ваш брак должен признаваться в РФ.
Так согласно ст. 158 СК РФ
1. Браки между гражданами Российской Федерации и браки между гражданами Российской Федерации и иностранными гражданами или лицами без гражданства, заключенные за пределами территории Российской Федерации с соблюдением законодательства государства, на территории которого они заключены, признаются действительными в Российской Федерации, если отсутствуют предусмотренные статьей 14 настоящего Кодекса обстоятельства, препятствующие заключению брака.
Соответственно в расторжении брака Вам не должны отказывать.
Если Вы граждане РФ, то в консульском учреждении Вы имеете право расторгнуть брак, если в соответствии с законодательством Российской Федерации допускается расторжение брака в органах записи актов гражданского состояния (у Вас нет общий детей).
Смотрите по этому поводу ч. 2 ст. 160 СК РФ
Согласно Федеральному закону «Консульский устав Российской Федерации» от 05.07.2010 N 154-ФЗ
2. К консульским функциям относятся:
6) государственная регистрация актов гражданского состояния;
Интересует также, почему, рос органы запрашивают этот апостиль, несмотря на международные соглашения.
При этом, необходимо апостилировать свидетельство о заключении брака, выданное в Чехии.
Смотрите Гаагскую конвенцию отменяющую требование легализации иностранных
официальных документов по данной ссылке
https://docs.cntd.ru/document/1900410
смотрите ст. 3 которая указывает на необходимость проставления апостиля компетентным органом государства, в котором этот документ был совершен.