Здравствуйте.
Выделять долю в оплаченной маткапиталом недвижимости биологическому отцу Вашего ребенка, если Вы не состоите с ним в браке Вам точно не нужно, поскольку из ст. 10 Федерального закона «О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей» от 29.12.2006 N 256-ФЗ следует
Лицо, получившее сертификат, его супруг (супруга) обязаны оформить жилое помещение, приобретенное (построенное, реконструированное) с использованием средств (части средств) материнского (семейного) капитала, в общую собственность такого лица, его супруга (супруги), детей (в том числе первого, второго, третьего ребенка и последующих детей) с определением размера долей по соглашению.
Если на момент погашения долга по ипотеке средствами материнского капитала он не будет Вашим супругом, а только отцом ребенка, то выделять ему долю будет не нужно.
Что же касается второго варианта — если Вы вступите с ним в брак, и материнский капитал будет вложен в оплату ДО регистрации этого брака, то я также полагаю, что выделять ему долю будет не нужно в связи со следующим:
— сертификат на капитал Вами получен до регистрации брака с ним
-право на капитал реализовано до регистрации брака
-маткапитал направлен на погашение ипотеки за квартиру, которая приобретена до брака и не является общим имуществом супругов
-из буквального толкования нормы ст. 10 следует, что обязанность оформить в собственность жилое помещение касается супругов, которые были таковыми на момент получения сертификата;
Поскольку квартиру с использованием средств материнского капитала Вы приобрели не будучи с ним в браке, то я полагаю Вы не должны будете ему выделять долю в этой квартире.
Иное может быть на основании статьи 37 СК или на основании брачного договора или соглашения о разделе имущества супругов.