Здравствуйте.
Вам не обязательно регистрировать прощение долга по лицензионному договору, достаточно обычной письменной формы.
Лицензионный договор заключается в письменной форме, если настоящим Кодексом не предусмотрено иное. Несоблюдение письменной формы влечет недействительность лицензионного договора.
Предоставление права использования результата интеллектуальной деятельности или средства индивидуализации по лицензионному договору подлежит государственной регистрации в случаях и в порядке, которые предусмотрены статьей 1232 настоящего Кодекса.
Статья 1235 ГК РФ.
Обратите внимание, что регистрации подлежит предоставление права использования объекта (лицензионный договор). Другие сделки в рамках договор регистрировать не обязательно.
Помимо прочего, если речь действительно только о прощении долга, оформить его можно и без дополнительного соглашения, а простым уведомлением.
Обязательство прекращается освобождением кредитором должника от лежащих на нем обязанностей, если это не нарушает прав других лиц в отношении имущества кредитора.
Обязательство считается прекращенным с момента получения должником уведомления кредитора о прощении долга, если должник в разумный срок не направит кредитору возражений против прощения долга.
Статья 415 ГК РФ.
Но я бы рекомендовал все же заключить допник.