Какие налоги возникнут при продаже ООО здания учредителю с зачетом его займа?

Людмила, добрый день!
1. ФЛ получит доход от процентов, которые заплатит ООО путем прямой оплаты, либо путем взаимозачета и подписания Акта взаимозачета, дата которого будет являться датой получения процентов (опять же если там будет указано, что данная сумма включает в себя проценты.
Ставка тут будет 13%
2. ООО получит доход от продажи в размере стоимости здания (70% от кадастровой), указанной в договоре. Датой получения дохода будет дата получения средств от ФЛ, в т.ч. дата Акта взаимозачета. 
Налогоплательщики, применяющие упрощенную систему налогообложения, выбравшие в качестве объекта налогообложения доходы, уменьшенные на величину расходов, при определении налоговой базы учитывают расходы, предусмотренные п. 1 ст. 346.16 Налогового кодекса Российской Федерации (далее — Кодекс), при условии их соответствия критериям, указанным в п. 1 ст. 252 Кодекса, в соответствии с которым расходами признаются обоснованные и документально подтвержденные затраты, осуществленные налогоплательщиком.
При определении объекта налогообложения налогоплательщик уменьшает полученные доходы на следующие расходы:
1) расходы на приобретение, сооружение и изготовление основных средств, а также на достройку, дооборудование, реконструкцию, модернизацию и техническое перевооружение основных средств (с учетом положений пунктов 3 и 4 настоящей статьи);
3) расходы на ремонт основных средств (в том числе арендованных);

Предполагаю, что данные расходы, связанные с нежилым зданием Вы ранее уже заявляли в предыдущих налоговых периодах. 

Здравствуйте!

помимо сказанного коллегой можно добавить, что у физлица, являющегося взаимозависимым к ООО, может возникнуть налогооблагаемый НДФЛ доход в виде материальной выгоды (пп.2 п.1 ст.212 НК).

2) материальная выгода, полученная от приобретения товаров (работ, услуг)… в соответствии с гражданско-правовым договором у физических лиц, организаций и индивидуальных предпринимателей, являющихся взаимозависимыми по отношению к налогоплательщику;

налоговая база определяется как превышение цены идентичных товаров, реализуемых лицами, являющимися взаимозависимыми по отношению к налогоплательщику, в обычных условиях лицам, не являющимся взаимозависимыми, над ценами реализации идентичных товаров, налогоплательщику, т.е. ориентироваться Вам при сделке следует не на кадастровую стоимость, а рыночную (ст.105.3 НК)