Какие могут быть последствия при этом?

1, Срока нет по заключению нового договора соцнайма.   

 2. Обязательно надо согласие всех кто в квартире зарегистрирован. Отсутствующий может дать доверенность.  

Статья 82 ЖК. Изменение договора социального найма жилого помещения

2. Дееспособный член семьи нанимателя с согласия остальных членов своей семьи и наймодателя вправе требовать признания себя нанимателем по ранее заключенному договору социального найма вместо первоначального нанимателя. Такое же право принадлежит в случае смерти нанимателя любому дееспособному члену семьи умершего нанимателя.

3. Можно не выписывать умершего. Но разницу в ЖКУ с учетом льготы и без учета льготы вправе взыскать.  

Здравствуйте. В силу ст. 82 ЖК РФ

2. Дееспособный член семьи нанимателя с согласия остальных членов своей семьи и наймодателя вправе требовать признания себя нанимателем по ранее заключенному договору социального найма вместо первоначального нанимателя. Такое же право принадлежит в случае смерти нанимателя любому дееспособному члену семьи умершего нанимателя.

1. Есть ли срок переоформления главного квартиросьемщика в договоре соц найма?

Срок законом не установлен.

2. обязательно ли при переоформлении присутствие всех прописанных?

Присутствие нет. Обязательно согласие остальных лиц. Лучше получить письменное согласие лица.

3. Если присутствие всех прописанных обязательно, а родственник вернется из командировки через 3 мес, то можно ли пока не выписывать из квартиры умершего квартиросьемщика, и ждать приезда родственника из командировки. Какие могут быть последствия при этом?

Вправе не выписывать до момента переоформления договора соц найма. В части льгот, раз Вы ими будете формально пользоваться, с нанимателей могут взыскать. Это надо иметь в виду.

Ольга, здравствуйте!

Есть ли срок переоформления главного квартиросьемщика в договоре соц найма?

Какого либо срока в законе нет.Для перезаключения договора необходимы следующие документы: заявление от лица, желающего вступить в права нанимателя; паспорта всех совершеннолетних членов семьи, прописанных на данной жилплощади; договор найма со старым квартиросъемщиком; выписка из домовой книги; нотариально заверенное согласие всех проживающих на жилплощади совершеннолетних лиц (в случае невозможности присутствовать при переоформлении договора социального найма лично);
документы, которые являются основанием для перезаключения соглашения о найме (свидетельство о смерти бывшего квартиросъемщика); документ, подтверждающий родство заявленного нанимателя и бывшего квартиросъемщика.
Так как  причиной переоформления стала смерть нанимателя, прежде чем составить новый договор, следует его выписать.

2. обязательно ли при переоформлении присутствие всех прописанных?

Обязательно письменное согласие на переоформление согласно нормам ст.82 ЖК РФ.Ознакомиться здесь:

https://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_51057/8c3c143c6c268c0e5088bbed5ba46bc9e0ed75e0/

3. Если присутствие всех прописанных обязательно, а родственник вернется из командировки через 3 мес, то можно ли пока не выписывать из квартиры умершего квартиросьемщика, и ждать приезда родственника из командировки.

Можно какой то период и не снимать с учета.

Какие могут быть последствия при этом?

Перезаключите договор немного позже, когда родственник будет присутствовать чтобы дать свое личное согласие.

На умершего родственника оформлены льгота по оплате квартиры

Если умерший член семьи имел право на льготу а иные члены семьи этого права не имеют то льгота перестает действовать.