Снимут ли их с очереди, если мы поженимся?

С учётом моего ответа выше далее:

Общие положения закрепляет Закон г. Москвы    от 14 июня 2006 года N 29   «Об обеспечении права жителей города Москвы на жилые помещения» им его статья  10. Последствия совершения действий, повлекших ухудшение жилищных условий, можете ознакомиться полностью по следующей ссылке:https://docs.cntd.ru/document/3666722

Из статьи прямо следует:

3. Действиями, повлекшими ухудшение жилищных условий, не являются:

2) вселение супруга (супруги)… в установленном порядке в жилые помещения в качестве членов семьи, если до вселения указанные лица были приняты на жилищный учет в городе Москве;

Только при указанном основании вселение супруга не будет являться намеренным ухудшением жилищных условий, что следует учитывать.

Далее я продолжу в следующем ответе ниже.

С учётом моих ответов выше далее:

Я не планирую прописываться в квартире его бабушки, просто хочу зарегистрировать брак. Прописка останется в Смоленске. Интересует не испортит ли наличие мною недвижимости им получение квартиры.

Понятие членов семьи собственника жилого помещения, закрепляет статья ЖК РФ Статья 31. Права и обязанности граждан, проживающих совместно с собственником в принадлежащем ему жилом помещении, можете ознакомиться полностью по следующей ссылке:https://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_51057/7b18082b2397114d3abca2fd14d7f22230aece1e/

Из статьи следует:

1. К членам семьи собственника жилого помещения относятся проживающие совместно с данным собственником в принадлежащем ему жилом помещении его супруг, а также дети и родители данного собственника. Другие родственники, нетрудоспособные иждивенцы и в исключительных случаях иные граждане могут быть признаны членами семьи собственника,если они вселены собственником в качестве членов своей семьи.

 в 97 году мать моего парня встала в очередь на получение квартиры по расселению семьи

Т.е. если указанных условий в Вашей ситуации не будет и они отсутствуют, то никак не повлияет, ведь Вы лично в таком случае не подпадаете под указанное расселение, подпадают члены семьи проживающие в  данном жилом помещении, их сведения и учитываются.

Свои уточнения Вы можете писать мне в личный чат. пройдя по ссылке на мой личный профиль:https://pravoved.ru/lawyer/798541/

нажав кнопку «Общаться в чате».

Это не важно кто где живет. ДГИ это и не проверяет.  При перерегистрации учётного дела проверяют что есть из жилья у самих очередников и их супругов. 

Дело в том что ДГИ учтет квартиру в любом случае. И придется идти в суд, а в суде можно будет отбить и без брачного договора, доказывая, что квартира добрачная.