Здравствуйте!
Согласно пункту 1 статьи 39.20 ЗК РФ
1. Если иное не установлено настоящей статьей или другим федеральным законом, исключительное право на приобретение земельных участков в собственность или в аренду имеют граждане, юридические лица, являющиеся собственниками зданий, сооружений, расположенных на таких земельных участках.
Статьей 39.16 ЗК РФ установлены основания для отказа в предоставлении земельного участка, находящегося в государственной или муниципальной собственности, без проведения торгов.
В частности, уполномоченный орган принимает решение об отказе в предоставлении земельного участка без проведения торгов, если испрашиваемый земельный участок является изъятым из оборота или ограниченным в обороте и его предоставление не допускается на праве, указанном в заявлении о предоставлении земельного участка (пункт 6 статьи 39.16 ЗК РФ).
Если Ваш участок расположен в границах зоны с особыми условиями использования территорий, а именно в запретном районе военного объекта, то это может быть препятствием для оформления участка в собственность.
Прилагаю судебную практику.
По регистрации права собственности на дом проблем быть не должно.