Как можно обосновать их взаимодействие?

Добрый день Надежда.

ГК РФ Статья 421. Свобода договора
1. Граждане и юридические лица свободны в заключении договора.

ООО имеют разные ИНН и ОРГН, разных директоров и юр адреса, поэтому одинаковое название не влияют на сделку и на право ее заключать

В ЕГРЮЛ зарегистрировано много юр лиц с одинаковыми названиями. Но это не мешает им работать.

В договорам будут указаны реквизиты сторон. Это и есть идентификаторы.

Здравствуйте, Надежда!

Общество с ограниченной ответственностью (Общество) должно иметь полное  и вправе иметь  сокращенное  фирменное наименование.

Зарегистрированное  фирменное наименование юридического лица   подлежит специальной правовой защите.

3. Не допускается использование юридическим лицом фирменного наименования, тождественного фирменному наименованию другого юридического лица или сходного с ним до степени смешения, если указанные юридические лица осуществляют аналогичную деятельность и фирменное наименование второго юридического лица было включено в единый государственный реестр юридических лиц ранее, чем фирменное наименование первого юридического лица.

ст.1474 ГК РФ

Правообладатель    фирменного наименования  вправе  требовать от нарушителя  при их  тождественности      прекращение  его     использования      или изменения   фирменного  наименование, а также возмещения убытков

Как указано в п.152  Постановления  Пленума Верховного Суда РФ от 23.04.2019 N 10 требование прекратить использование фирменного наименования может заявить только правообладатель.

При совпадении фирменных наименований Обществ    происходит их смещение  для  участия в хозяйственном обороте.

Для  не допуска такого  смещения Общество, первым зарегистрировавшим фирменное наименование,  вправе требовать прекращение его использования   от   другого Общества.

может ли это повлечь какие-то последствия?

Последствия могут   быть при наличии претензий у правообладателя фирменного наименования.

Как можно обосновать их взаимодействие? 

Общества не   обязаны обосновывать свое взаимодействие.   

Здравствуйте Надежда 

Тут нужно смотреть конкретно каких рисков вы хотите избежать. 

Так вот критерии для определения рисков из Приказа ФНС России от 30.05.2007 N ММ-3-06/333@ 

1. Налоговая нагрузка у данного налогоплательщика ниже ее среднего уровня по хозяйствующим субъектам в конкретной отрасли (виду экономической деятельности).
2. Отражение в бухгалтерской или налоговой отчетности убытков на протяжении нескольких налоговых периодов.
3. Отражение в налоговой отчетности значительных сумм налоговых вычетов за определенный период.
4. Опережающий темп роста расходов над темпом роста доходов от реализации товаров (работ, услуг).
5. Выплата среднемесячной заработной платы на одного работника ниже среднего уровня по виду экономической деятельности в субъекте Российской Федерации.
6. Неоднократное приближение к предельному значению установленных Налоговым кодексом Российской Федерации величин показателей, предоставляющих право применять налогоплательщикам специальные налоговые режимы.
7. Отражение индивидуальным предпринимателем суммы расхода, максимально приближенной к сумме его дохода, полученного за календарный год.
8. Построение финансово-хозяйственной деятельности на основе заключения договоров с контрагентами-перекупщиками или посредниками («цепочки контрагентов») без наличия разумных экономических или иных причин (деловой цели).
9. Непредставление налогоплательщиком пояснений на уведомление налогового органа о выявлении несоответствия показателей деятельности, и (или) непредставление налоговому органу запрашиваемых документов, и (или) наличие информации об их уничтожении, порче и т.п.
(п. 9 в ред. Приказа ФНС России от 10.05.2012 N ММВ-7-2/297@)
10. Неоднократное снятие с учета и постановка на учет в налоговых органах налогоплательщика в связи с изменением места нахождения («миграция» между налоговыми органами).
11. Значительное отклонение уровня рентабельности по данным бухгалтерского учета от уровня рентабельности для данной сферы деятельности по данным статистики.
12. Ведение финансово-хозяйственной деятельности с высоким налоговым риском.

Так же нужно смотреть связаны ли каким либо образом компании через учредителей или другим образом. Возможно использование одних и тех же складов. 

Далее продолжу