Здравствуйте.
Если в браке действительно заключен брачный договор, в нем четко обозначено, что имущество, полученное в течение брака, принадлежит супругам в равной доле, оно таким образом и будет делиться, то есть без вычета. Семейный кодекс прямо предусматривает возможность изменения режима совместной собственности.
Брачным договором супруги вправе изменить установленный законом режим совместной собственности (статья 34 настоящего Кодекса), установить режим совместной, долевой или раздельной собственности на все имущество супругов, на его отдельные виды или на имущество каждого из супругов.
Статья 42 СК РФ.
При этом принимая во внимание положения статьи 431 ГК (брачный договор является договором и к нему применяются общие положения гражданского законодательства, не противоречащие Семейному кодексу) важно, что и как именно обозначено в договоре.
При толковании условий договора судом принимается во внимание буквальное значение содержащихся в нем слов и выражений. Буквальное значение условия договора в случае его неясности устанавливается путем сопоставления с другими условиями и смыслом договора в целом.
Поэтому, повторюсь, если в нем четко указано на общий характер имущества, так оно и будет с правовой точки зрения.
Не является общим совместным имуществом приобретенное хотя и во время брака, но на личные средства одного из супругов, принадлежавшие ему до вступления в брак, полученное в дар или в порядке наследования, а также вещи индивидуального пользования, за исключением драгоценностей и других предметов роскоши (ст. 36 СК РФ) (п. 15 Постановления Пленума Верховного Суда РФ от 05.11.1998 N 15).
Вы можете разделить и пополам по обоюдному согласию. Если возникнет спор, то та часть квартиры, приобретённая за счет подаренных супругу денег будет его личной, остальное пополам.