Добрый день!
В том случае, если документ подписан квалифицированной электронной подписью, то он равнозначен документу в бумажном виде, подписанному физической (рукописной) подписью. То есть не принять такой документ только со ссылкой, что документ подписан ЭЦП, нельзя, это не соответствует Закону.
Ст. 6 Закона об электронной подписи
Информация в электронной форме, подписанная квалифицированной электронной подписью, признается электронным документом, равнозначным документу на бумажном носителе, подписанному собственноручной подписью, и может применяться в любых правоотношениях в соответствии с законодательством Российской Федерации, кроме случая, если федеральными законами или принимаемыми в соответствии с ними нормативными правовыми актами установлено требование о необходимости составления документа исключительно на бумажном носителе