Можно ли через суд добиться большего процента неустойки?

Можно уточнить. Это единственный пункт где указано про неустойку. Речь тут идет о неустойке за нарушение сроков устранение недостатков. Речи о несвоевеременной сдачи дома тут нет. Можно ли в таком случае этот пункт трактовать таким образом, что неустойка за просрочку самого строительства не определена и опираться уже на закон, для ее определения?5.3 В случае нарушения указанных в соглашении или Акте приема-передачи сроков устранения недостатков или замены некачественного Изделия, Продавец, руководствуясь статьями 330-331 Гражданского кодекса РФ, определяющими размер договорной неустойки за нарушение выполнения обязательства, выплачивает Покупателю неустойку в размере 0,01 % от стоимости недопоставленного или бракованного Изделия за каждый день просрочки свыше 30 (тридцати) календарных дней.

Если стороны не определили в договоре размер неустойки за просрочку сдачи работ, то применяется законная неустойка.

Если Вы заключили договор как физ лицо, то значит законная неустойка рассчитывается в размере, определенном законом о защите прав потребителей

п.5 ст. 28 ЗоЗПП

 В случае нарушения установленных сроков выполнения работы (оказания услуги) или назначенных потребителем на основании пункта 1 настоящей статьи новых сроков исполнитель уплачивает потребителю за каждый день (час, если срок определен в часах) просрочки неустойку (пеню) в размере трех процентов цены выполнения работы (оказания услуги), а если цена выполнения работы (оказания услуги) договором о выполнении работ (оказании услуг) не определена — общей цены заказа. Договором о выполнении работ (оказании услуг) между потребителем и исполнителем может быть установлен более высокий размер неустойки (пени).