Подскажите пожалуйста какие трудности могут возникнуть при оформлении?

Анастасия, добрый вечер!
Двигатель не является неотъемлемой частью автомобиля и может быть заменен, например, на контрактный.
В таком случае необходимо внести изменения в СТС.
При этом, если двигатель аналогичный — без внесения изменений в конструкцию автомобиля. Делается достаточно просто.
Однако, данный двигатель может находиться в розыске.
Чтобы обезопасить себя от негативных последствий в виде изъятия двигателя и бесконечного хождения по следователям — рекомендую запросить договор купли-продажи данного агрегатного узла у продавца автомобиля.
Также не лишним будет обратиться в соответствующий отдел ГИБДД и, при возможности, попросить уточнить прямо по телефону — находится ли данный двигатель с конкретным номером в розыске.
Удачи вам!