Доначислят ли снова налоги при работе с ИП по перевозкам и агентским договорам?

Здравствуйте. 

Учитывая, что в Вашем случае имееют место судебные решения, а также то, что информация в вопросе не совсем понятная, есть смысл во-первых, дать номер арбитражного дела, а во-вторых, немного подробнее пояснить ситуацию.

Агентские договора, но ифнс и арбитражный суд ни в каком виде их не признают.

  Насколько я понял, организация работает как со своими автомашинами, оказывая услуги перевозки, так и является диспетчером по отношению к другим автомашинам, которые привлекаются для выполнения полученных заказов. Существенное значение тут имеют как договора заключенные с заказчиками, так и договора, которые Вы поименовали агентскими (ст. 1005 ГК РФ). При этом следует учитывать, что при УСН доходы, расходная часть не учитывается и в налогоблагаемую базу попадает вся выручка. Однако в случае оказания агентских услуг выручкой является только агентское вознаграждение. 

Из текста также непонятно, что именно и за что доначислили и какого доначисления Вы опасаетесь в новой организации, которая работает по системе УСН доходы минус расходы. Или поясните или дайте ссылку на арбитражное дело, или хотя бы его номер. 

     Добрый день. 

     В Вашем случае, что бы дать какие то рекомендации необходимо анализировать всю бизнес модель, заключаемые договоры, отчеты агента, проводки оплат по банку, те претензии, что выставлялись, оквэды и т.д. т.е. по сути проводить аудит всей схемы работы компании, что возможно лишь в рамках полноценной и серьезной услуги в чате, а не в формате ответа на вопрос. 

     В рамках же ответа на вопрос 

Теперь вопрос: опять доначислят.? Оказала заказчику услуги, предоставила транспорт ип. Перечислила ип. Что опять делать?

     Правильно составить агентский договор — ст.1005 ГК www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_9027/16b93ff7ea7de7dab0724c646d4654ce75554780/, оформлять отчеты агента и своевременно их отправить принципалам http://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_9027/61c9aed64e81a8aed5c7a49cd10b5dce832ac726/

Не иметь взаимосвязи и взаимопересечений с принципалами, которые могли бы быть расценены как схема дробления бизнеса — Письмо ФНС России от 11.08.2017 N СА-4-7/15895@

http://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_256250/14d4d7aaaa47f8418cd8abdb76475f110e185aab/

Правильно оформлять переводы по счетам. В этом случае вопросов от ФНС не будет, а налогами будет облагаться лишь Ваше вознаграждение агента — ст.251 НК  п.1 пп.9

     В контрактах заключаемых с Вами иметь возможность привлечения для их исполнения третьих лиц. 

    Это самый минимум. 

     Все иные моменты, детали и нюансы могут  быть детально разобраны в рамках отдельной полноценной услуги в чате(доступен при входе на сайт через браузер).

С уважением Евгений Беляев