Ирина, зачет срока владения старого жилья в минимальный срок владения недвижимым имуществом установлен только для жилья, полученного по программе реновации в городе Москве (пункт 41.1 статьи 217 Налогового кодекса РФ). В вашем случае минимальный срок владения будет составлять 3 года (как единственное жилье) и отсчитываться с момента регистрации права собственности на новую квартиру.
Вы можете зачесть стоимость вашей прежней квартиры, если она указана, например, в договоре мены. Либо брать в расчет рыночную стоимость, но для этого необходим отчет об оценке вашей старой квартиры, т.к. в таком случае рыночная стоимость может подтверждаться только отчетом оценщика.
Если квартира предоставлялась равноценная, то при ее продаже налог уплачивать не нужно, однако равноценность должна подтверждаться (как я написала выше, договором мены или отчетом об оценке).