Иван!
Полагаю, что вряд ли стоит предпринимать такие действия без согласования с муниципалитетом. Если этот колодец их не интересует как объект водоснабжения, то они сами могут и должны принять меры для его консервации и демонтажа надстройки, пусть реагируют на Ваше обращение.
Если же Вы сами что-то начнёте с ним делать, то формально нельзя исключать ответственность по Кодексу РФ об административных правонарушениях, например по статье 7.7:
Повреждение объектов и систем водоснабжения, водоотведения, гидротехнических сооружений, устройств и установок водохозяйственного и водоохранного назначения — влечет наложение административного штрафа на граждан в размере от одной тысячи до одной тысячи пятисот рублей;
Так что риск быть наказанным есть, сейчас он им не нужен, а потом выяснится, что всё не так, просто они никак не могли собраться привести его в порядок, это — их зона ответственности и лучше всё заранее согласовать.