Здравствуйте, Антон!
если я правильно понимаю, ИП и есть автор-разработчик кода. Если так, то он просто может заключить договор об отчуждении исключительного права на ПО (ст. 1234, 1285 ГК РФ). В этом случае все имущественные права в полном объеме будут переданы ООО навсегда.
После этого ООО ставит программу на бухучет (карточка учета нематериального актива).
ИП регистрировать ПО в Роспатенте не обяза, это делается по желанию
В любом вопросе важен индивидуальный подход и внимание к деталям, мы можем все обсудить в чате и вместе прийти к успешному решению.