И в целом можно ли использовать такие черточки в наменовании ООО?

Елена, добрый день! Требования к фирменному наименованию юридического лица закреплены в ст. 1473 ГК РФ. Согласно ей 

Юридическое лицо вправе иметь также одно полное фирменное наименование и (или) одно сокращенное фирменное наименование на любом языке народов Российской Федерации и (или) иностранном языке.

Т.е. подразумевается, что это не просто латинские буквы но именно наименование с учетом грамматики соответствующего языка. Что касается использования в ЕГРЮЛ всех закгавных букв, то этот момент не зависит от написания, поданного в заявке т.к. используется такой подход ко всем без исключения наименованиям юрлиц уже лет как 10

Елена, это довольно-таки частый случай, поэтому процедура внесения изменений в название организации уже отработана. Необходимо подать в ИФНС заявление в свободной форме об исправлении ошибок в ЕГРЮЛ по вине ИФНС, в котором указать, какие данные должны были быть изменены. В качестве заявителя выступает генеральный директор ООО. После получения этого заявления налоговый орган проверяет информацию об ошибке и в течение пяти рабочих дней вносит исправленные данные. 

Здравствуйте, Елена.

1. Заглавные буквы в ЕГРЮЛ используются уже давно, вне зависимости от того, что Вами указано в решении/протоколе, уставе Общества. 

Это правило установлено п. 4 Приказа ФНС России от 31.08.2020 N ЕД-7-14/617@ «Об утверждении форм и требований к оформлению документов, представляемых в регистрирующий орган при государственной регистрации юридических лиц, индивидуальных предпринимателей и крестьянских (фермерских) хозяйств» (Зарегистрировано в Минюсте России 15.09.2020 N 59872)

При использовании для заполнения формы заявления программного обеспечения печать знаков должна выполняться заглавными буквами....

Заполнение формы заявления вручную… заглавными печатными буквами...

А также ст. 4 Федерального закона от 08.08.2001 N 129-ФЗ «О государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей», которая говорит о необходимости единства и сопоставимости сведений.

2. Относительно исправления, чаще всего такие ошибки признаются техническими и подлежат исправлению при обращении Заявителя, в течение 5 пяти рабочих дней, согласно п. 10 Приказа Минфина России от 30.10.2017 N 165н «Об утверждении Порядка ведения Единого государственного реестра юридических лиц и Единого государственного реестра индивидуальных предпринимателей, внесения исправлений в сведения, включенные в записи Единого государственного реестра юридических лиц и Единого государственного реестра индивидуальных предпринимателей на электронных носителях, не соответствующие сведениям, содержащимся в документах, на основании которых внесены такие записи (исправление технической ошибки), и о признании утратившим силу приказа Министерства финансов Российской Федерации от 18 февраля 2015 г. N 25н» (Зарегистрировано в Минюсте России 16.01.2018 N 49645)