Нужно ли сниматься с самозанятости при сдаче квартиры юридическому лицу?

Заведите другую банковскую карту, не ту, на которую Вы получали доходы как саозанятая.

Есть такая особенность:

пп.7) п.2. ст.4. Закона от 27.11.2018 №422-ФЗ 

Не вправе применять специальный налоговый режим: 

лица, применяющие иные специальные налоговые режимы или ведущие предпринимательскую деятельность, доходы от которой облагаются налогом на доходы физических лиц, за исключением случаев, предусмотренных частью 4 статьи 15 настоящего Федерального закона; 

Здесь есть варианты толкования, но  налоговая может и сама по этому поводу снять Вас с учета как самозанятую (п.15 ст.5 закона №422-ФЗ)

15. При наличии у налогового органа информации об утрате налогоплательщиком права на применение специального налогового режима или о несоответствии налогоплательщика требованиям части 2 статьи 4 настоящего Федерального закона снятие налогоплательщика с учета в налоговом органе осуществляется по инициативе налогового органа при отсутствии заявления налогоплательщика о снятии с учета.

Юридическое лицо теперь само будет платить налог НДФЛ 13% (налоговый агент). Что мне делать со статусом самозанятого?

 Татьяна, добрый день! В описанной ситуации ЮЛ не должно ни удерживать ни уплачивать за Вас ндфл т.к. Вы по прежнему находитесь в статусе самозанятого и с таких доходов ндфл в принципе не уплачивается, возможно проблема возникла по причине не указания в договоре с ЮЛ на наличие статуса самозанятого.