После развода принято решение через нотариуса разделить ее пополам, потом бывшая выкупает в т ч и с помощью

Здравствуйте Ольга! В соответствии с пунктом 17.1 статьи 217 НК РФ, налогоплательщики, продавшие недвижимое имущество, которое было у них в собственности как минимум три года, освобождаются от необходимости платить НДФЛ. В Вашем случае если истекло три года, то НДФЛ  сын платить не будет.

Здравствуйте!

п.4 ст.217.1 НК в целях освобождения дохода от НДФЛ предусмотрен общий для всех минимально необходимый срок владения недвижимостью -  5 лет.

п.3 ст.217.1 НК для определенных случаев установлен срок владения в 3 года, например если продаваемое жильё/доля в нем является единственным для налогоплательщика.

поэтому, чтобы однозначно ответить на Ваш вопрос

будет ли он платить 13% подоходного после получения оплаты своей доли( как бы продажи)

необходимо знать основания приобретения сыном квартиры (купил, получил в дар, приватизировал) и единственное ли это у него жильё.

в случае же, если эта доля является единственным жильем и учитывая, что

Квартира в собственности сына 3 года.

НДФЛ не будет на основании п.17.1 ст.217 НК.

Здравствуйте,

После развода принято решение через нотариуса разделить ее пополам

Каким образом Вы собираетесь это сделать? Если собственник несовершеннолетний сын, то без разрешения органа опеки никакой натариус ничего с ней не сделает. И вообще, что понимается под словом«разделить»? 

Ст.60 СК РФ

4. Ребенок не имеет права собственности на имущество родителей, родители не имеют права собственности на имущество ребенка.

Что касается налога, то если это единственное жилье, при минимальном сроке владения более 3х лет, налог не возникает в силу п.17.1 ст.217 НК РФ.