В соответствии с п. 1 ст. 810 ГК РФ заемщик обязан возвратить займодавцу полученную сумму займа в срок и в порядке, которые предусмотрены договором займа. Не имеет значение является ли это договор займа между фирмой и сотрудником или каким-либо другим.
Потребуйте от сотрудника исполнения обязательство по договору, направьте ему претензию с требованиями, укажите в ней точную сумму возврата и сроки.
Если он не отреагирует положительно и погашение задолженности не произойдет в указанные Вами сроки, Вы имеете право обратиться в суд. Тут будет иметь значение также условия договора в части порядка возврата займа, процентов и тд. Важно: не пропустите срок исковой давности по договору. Кроме того не стоит затягивать взыскание, если у Вас не имеется письменных объяснений сотрудника о причинах задержки платежей. Этот факт будет учитываться при взыскании процентов.
Не видя сам договор займа тяжело полностью проконсультировать Вас по данному вопросу. однако в целом выше указаны общие положения.