Добрый день
Из вашего вопроса не четко ясна ситуация.
Предполагаю, что вы победитель закупки, уже заключили контракт, выполнили полностью (частично) и представили УПД по исполнению контракта. В данной ситуации это ваша ошибка.
При подаче заявки вы обязаны ознакомиться с документацией, а при подаче заявки вы соглашаетесь с условиями закупки. В случае, когда вам предоставлен на подпись контракт, то вы имели право представить протокол разногласий.
В такой ситуации вы не провели работу по исключению двойственного восприятия контракта, поэтому и претензии к вам. Если вы пойдете на встречу и выставите УПД (счет-фактуру) с НДС, то будете обязаны заплатить НДС в бюджет.
Возможно, у вас цена без НДС (по контракту), а по условиям контракта ассортимент питания включает молоко с НДС 10%. Тогда для вас это входящий НДС, а продажу услуг вы проводите без НДС. Насколько я понял условия закупки — это услуга по организации питания и вы осуществляете комплексное питание, в составе которого есть молоко в определенном объеме на единицу (1 чел.) обслуживания. Вы в такой ситуации не поставщик молока, т.к. поставка молока — это поставка в определенном объеме и в определенной таре и в определенные сроки. Поставляемый товар принимается по качеству, виду, тех.характеристикам, объеме и т.д. и т.п. При комплексном питании непосредственный получатель не обязан получать молоко. У вас в итоговом акте что указывается? Комплексный обед (в ассортименте) в количестве таком-то? У вас вед нет поставки только молока?
Если для вас принципиально, то при не оплате вам всего скорее придется обратиться в арбитраж.