Здравствуйте, Виктория.
Если на момент направления заявки (подписания ЭЦП) по закупке, проводимой в соответствии с положениями Федерального закона «О контрактной системе в сфере закупок товаров, работ, услуг для обеспечения государственных и муниципальных нужд» от 05.04.2013 N 44-ФЗ, у лица имелись соответствующие полномочия, то, считаю, отклонить заявку не могут.
В случае отклонения вы можете обратиться с жалобой в УФАС по месту нахождения заказчика.
Для детальной консультации по данному вопросу можете написать мне в чат.