Добрый день.
Прокурор говорит что так не должно быть и все должны быть прописаны в том доме на который потрачен материнский капитал.
Довольно странная позиция.
На этот счет, например, Пенсионный фонд РФ в <Информации> ПФ РФ «Часто задаваемые вопросы» https://pfr.gov.ru/grazhdanam/msk/
на вопрос дал следующий ответ
Обязательно ли при подаче заявления о распоряжении материнским капиталом подтверждать регистрацией по месту жительства совместное проживание родителей и детей в квартире, которая была куплена в кредит?
Нет, не обязательно. При распоряжении материнским капиталом совместное проживание родителей и детей в этой квартире обязательным условием не является.
При наличии у гражданина оснований пользоваться несколькими жилыми помещениями в соответствии с Законом РФ от 25 июня 1993 г. N 5242-1 «О праве граждан Российской Федерации на свободу передвижения, выбор места пребывания и жительства в пределах Российской Федерации» совершеннолетние дееспособные граждане самостоятельно решают, в каком жилом помещении им постоянно проживать и регистрироваться по месту жительства.
По общем правилу, определенному ст. 20 ГК РФ местом жительства несовершеннолетних, не достигших четырнадцати лет признается место жительства их законных представителей — родителей.
Таким образом, Вам ничто не препятствовало при наличии иного жилья осуществить как собственную регистрацию, так и регистрацию Ваших детей в данном жилье по месту жительства.
Приобретение иного жилого помещения, в том числе и за счет средств, материнского капитала, не влечет за собой возникновение обязанности произвести регистрацию именно в нем по месту жительства.
В целях соблюдения интересов детей, предполагается выделение им доли в приобретенном жилье, что Вами и было сделано.
При наличии в собственности нескольких жилых помещений, выбор в котором произвести регистрацию по месту жительства — остается за Вами.
При этом, местом жительства детей признается место жительства их родителей (одного из них) согласно статьи 20 ГК.
Соответственно, сын может быть зарегистрирован с отцом, а другие дети с Вами по другому месту жительства.