Здравствуйте, Наталия.
Все зависит от того, мог ли заказчик при приеме работ определить то оборудование было поставлено или нет.
Согласно п.3 ст.720 ГК РФ если иное не предусмотрено договором подряда, заказчик, принявший работу без проверки, лишается права ссылаться на недостатки работы, которые могли быть установлены при обычном способе ее приемки (явные недостатки).
В силу п.4 ст.720 ГК РФ Заказчик, обнаруживший после приемки работы отступления в ней от договора подряда или иные недостатки, которые не могли быть установлены при обычном способе приемки (скрытые недостатки), в том числе такие, которые были умышленно скрыты подрядчиком, обязан известить об этом подрядчика в разумный срок по их обнаружении.
Для ответа на вопрос, необходим анализ всех имеющихся документов и понимание того, согласовал ли Заказчик замену оборудования или нет.
С уважением, Галина Фёдорова.