Добрый день.
Да, Вы имеете право на получение отсрочки от призыва, если поступили в магистратуру в год окончания обучения по программе бакалавриата.
То обстоятельство что обучение будет осуществляться в разных вузах — не играет никакой роли.
Формальным условием предоставления отсрочки от призыва по смыслу закона является только дата поступления на обучение.
Так в силу ст. 24 ФЗ «О воинской обязанности и военной службе»
2. Право на отсрочку от призыва на военную службу имеют граждане:
а) обучающиеся по очной форме обучения в:
программам магистратуры, если указанные обучающиеся не имеют диплома специалиста или диплома магистра и поступили на обучение по программам магистратуры в год получения высшего образования по программам бакалавриата, — в период освоения указанных образовательных программ, но не свыше установленных федеральными государственными образовательными стандартами, образовательными стандартами сроков получения высшего образования по программам магистратуры.
Это не верный ответ.