Как оформить возврат долга ЮЛ от физлица?

Здравствуйте. Давайте, я попробую посоветовать Вам схему, которая кажется мне более простой и понятной.

Директор/учредитель организации могут оформить с этой организацией договор займа или несколько договоров займа, (например каждый месяц по договору), согласно которым каждый месяц  менее 100 тыс.руб будут перечисляться ими в пользу организации — должника. Организация в свою очередь будет эти деньги направлять на погашение обязательств по поставке товара. 

Дополнительно в договорах займа можно прописать целевую направленность передачи денежных средств на погашение займа по такому то договору в таком то количестве.

В то же время, с контрагентом (кредитором организации) рекомендую договориться о рассрочке оплаты поставленного товара, заключив соответствующий договор. Таким образом будут согласованы суммы рассрочки с суммой ежемесячных займов от директора/учредителя. 

Резюмирую: директор/учредитель даёт деньги организации-должнику в займ, организация этими деньгами расплачивается за поставку. 

Есть иные варианты, но этот мне видится наиболее простым и понятным.

Договоры между физ. лицами подписывать не рекомендую. Во-первых будет сложно привязать их к основному обязательству (к поставке), во-вторых есть риск исполнения ненадлежащему кредитору. Иными словами, платить должен должник, если иное не предусмотрено соглашением сторон.