Насколько с правовой точки зрения такие действия правильны в отношении агентского договора?

Здравствуйте, Дмитрий!

К правоотношениям по агентскому договору не применяются нормы трудового законодательства и законодательства о социальном обеспечении на случай временной нетрудоспособности. Хотя вроде был законопроект, что по договорам гражданско-правового характера исполнители тоже смогут получать пособие по временной нетрудоспособности, но пока таких изменений в законе нет. Но у Вас ситуация еще более осложнена тем, что Вы пошли на поводу у работодателя и зарегистрировались в качестве ИП, таким образом, с формальной точки зрения у Вас равноправные отношения с заказчиком, регулируемые ГК РФ и договором. 

У Вас есть только один вариант получить гарантии, предоставленные трудовым законодательством — обратиться в суд для признания наличия фактически трудовых отношений незаконно оформленных агентским договором.

Если у Вас еще остались вопросы, Вы можете задать их мне в рамках индивидуальной платной консультации в чате (стоимость и время консультации согласовываются там же).

Здравствуйте, в отношении агентского договора не действуют правила, установленные ТК РФ, в том числе, в отношении больничных. 

Внимательное изучите условия оплаты по данному договору. вероятно, что там установлен некий процент со сделок и в таком случае оплата может сокращаться при нерабочих днях.