Как нам тогда принимать НДС на расходы?

Как следует из запроса, Вы является заказчиком по договора с белорусской компанией. Местом реализации услуг (проведение КИ) является территория Белоруссии. Белорусский НДС к зачету вы принять не сможете. Следовательно, вся сумма по договору относится на расходы в целях налогообложения прибыли.

В связи с тем что Вы как покупатель научно-исследовательских работ, к которым могут быть отнесены КИ, указанные в вопросе, осуществляете деятельность на территории РФ, местом реализации данных услуг будет признаваться территория РФ, следовательно, данные услуги облагаются НДС (пп. 4 п. ст. 148 НК РФ).

Таким образом, вы признаетесь налоговым агентом по НДС и должны удержать российский НДС с оплаты услуг белорусскому исполнителю.