Или налоговая убирает эту сумму в связи с тем что дело переданно в суд?

Юлия здравствуйте! В Вашем случае рекомендую обратиться в налоговую за пояснениями, поскольку это может быть как задолженность по одному налогу, так и задолженности по разным периодам… Поэтому единственный верный вариант — общение с налоговой.