Можно ли вернуть деньги частями, так как сразу всю сумму вернуть не смогу

Добрый день, Дарья. Как я понимаю речь идет о договоре целевого обучения, который был расторгнут по соглашению сторон.
В соответствии с п. 44 Постановления Правительства РФ от 13 октября 2020 г. N 1681 «О целевом обучении по образовательным программам среднего профессионального и высшего образования»

44. Гражданин в течение установленного договором о целевом обучении срока с даты расторжения договора о целевом обучении возмещает расходы, связанные с предоставлением мер поддержки, посредством перечисления денежных средств на лицевой счет заказчика в территориальном органе Федерального казначейства, финансовом органе субъекта Российской Федерации, финансовом органе муниципального образования (счет заказчика (организации-работодателя) в кредитной организации в случаях, установленных федеральными законами), реквизиты которого указаны в договоре о целевом обучении.

По смыслу данной нормы права договор до момента расторжения должен был действовать еще два года. То есть, с момента расторжения срок возмещения расходов будет составлять два года. При этом, законом не установлено обязанности гражданина возместить расходы единым платежом, или данной суммой. Важно, чтобы не была допущена просрочка в течения срока возмещения расходов. Законом также не запрещено заключить соглашение о с образовательной организацией о возмещении расходов с графиком платежей.
По дополнительным вопросам, консультациям Вы можете обратиться ко мне лично посредством чата. Предлагаю также составить проект соглашения 
С уважением.