Два вопроса - правомерно ли поступил мировой судья?

Поправка. Тут применению подежит другая статья (ст. 30.4 КоАП РФ)

 При подготовке к рассмотрению жалобы на постановление по делу об административном правонарушении судья, должностное лицо:
3) направляют жалобу со всеми материалами дела на рассмотрение по подведомственности, если ее рассмотрение не относится к компетенции соответствующих судьи, должностного лица.

Однозначно просите восстановления срока на основании ст. 30.3 КоАП РФ

В связи с этим Вы можете ходатайствовать о восстановлении срока на обжалование постановления по делу об административном правонарушении, приложив к жалобе определение мирового судьи о возврате Вам Вашей жалобы.

Кроме того, Вы теоретически можете также обжаловать само определение о возврате Вам Вашей жалобы мировым судьей, однако быстрее и проще представляется первый вариант.

А можете пойти и двумя путями сразу, на всякий случай.

а как такое могло случиться? судья не знает норм КоАП или же я что-то сделал неверно?

Мировые судьи в силу специфики своей работы рассматривают дела всех категорий: гражданские, уголовные, по делам об административных правонарушениях. Соответственно, им приходится работать с большим количеством законов, подзаконных актов, постановлений Пленумов и т.д. Быть специалистом во всех областях все же затруднительно. Возможно, судья где-то что-то не дочитал.

Тот факт, что я направил жалобу мировому судье по месту совершения апн, а не по месту нахождения огибдд (там разные мировые суды, как я понял) может иметь значение в этом случае?

Жалоба на постановление по делу об административном правонарушении действительно рассматривается судом по месту совершения правонарушения. Только не мировым, а районным.